El Sistema de Gestión de la Calidad de Asociación Ágape de El Salvador tiene definido su alcance a los Procesos de: Gestión Administrativo Financiero que se desarrolla en todas las áreas funcionales de la organización para llevar a cabo operaciones relacionadas con ingresos, egresos, control y registro de las transacciones ejecutadas a nivel institucional. Enseñanza Aprendizaje desarrollado en: Colegio San Francisco de Asís para los servicios en Educación Parvularia, Básica y Media, Escuela Superior Franciscana Especializada en los servicios de Educación Superior Tecnológica, Instituto Tecnológico de Chalatenango en el servicio de Educación Técnica y Centro de Formación Profesional para los servicios de Formación Profesional.

Proceso de Atención Social desarrollado en: Unidad de Salud San Francisco de Asís y Hogar de Ancianos Paz y Bien para el servicio de Atención Medica, Salud Rural Integral en el servicio de Salud Preventiva en Dispensario y Visita Domiciliar.

Proceso Radiofónico y Televisivo desarrollado en: Ágape TV Canal 8 para la transmisión de programas televisivos y espacios publicitarios.

Radio Luz y Ágape Radio para la transmisión de programas radiales y espacios publicitarios Proceso de Hostelería y Restaurante desarrollado en: Hotel Ágape, para los Servicios de atención de alojamiento, alimentación y atención de eventos especiales, Restaurante Doña Laura, Merendero Ágape y Parque Acuático Ágape para los Servicios de atención de alimentación y atención de eventos especiales.