Desde su fundación, AGAPE ha hecho del diáfano manejo de los fondos, su principal característica. Esta norma la ha cumplido- desde su inicio -, con especial satisfacción, durante casi ya tres décadas de su existencia. Y ahora logrando la certificación en ISO 9001:2000 de los Procesos de Gestión Administrativa Financiera,  los cuales avalan la transparencia en el manejo de los recursos.

De esa actitud ejemplar dan fe: organismos internacionales, la empresa privada y los medios de comunicación social, que mantienen vínculos con AGAPE.

Todo ello ha sido comprobado a través del tiempo, con el surgimiento de nuevos programas y la ampliación constante de cada uno de ellos; los cuales, hasta el momento, han llevado su acción benéfica hasta más del millón de necesitados.

A través de sus programas Productivos, AGAPE recauda fondos que, parcialmente, sufraga actividades en pro de los necesitados.
Pero estos esfuerzos no son suficientes para satisfacer la creciente demanda de servicios. Por ello, la Asociación Agape de El Salvador ha recurrido siempre a la búsqueda de financiamiento externo; el cual, por la voluntad de Dios y el cristalino manejo de los fondos, se ha logrado siempre.

Los organismos financieros, tras exhaustivas investigaciones, entre la que cabe mencionar las Auditorías Institucionales, que abarca aspectos como: Organización, Capacidad Administrativa, Curriculum, Sistemas Registrados Contables y otros, jamás se han negado a prestarle su saludable apoyo.

Firmas auditoras de gran prestigio internacional, han dado reportes totalmente favorables que señalan y fortalecen la seriedad institucional y credibilidad que posee la Asociación Agape de El Salvador.